Sekolah Al Wafa yang berbasing Boarding School memang tidak bisa lepas dari kegiatan keagamaan. Inilah beberapa kegiatan keagamaan Siswa Al wafa yang memang menjadi program unggulan.
- Mewajibkan Shalat Wajib Berjamaah
- Shalat Duha Setiap Hari
- Tadarus setiap hari (one day one Juz)
- Tahfidz Qur’an untuk semua siswa Al Wafa
- Kebiasaan Beramal
- Mempelajari Kitab Kuning terkait Tauhid, Fiqih, Akhlak, Quran dan Tajwid serta Tahfidz Juz 30